内部仕様
Emote Wizardが管理するアセット
Emote WizardはAnimator Controllerを自動生成します。
独自のAnimator Controllerを提供するアバターや、破壊的にAnimator Controllerのステートマシンを編集して機能を追加するタイプのツールとは相性が良くないと思います。
Emote WizardはExpression Menu、Expression Parameterを自動生成します。
全てのアニメーションパラメータはEmote Wizardで管理する必要があります。
他のアセットで利用するパラメータはParameter Wizardなどから設定することもできますが、上級者向けとなります。
なお、NDMFのプラグインとしてのEmote WizardはGeneratingフェーズで動作するため、Transformingフェーズでアバターに機能を追加するギミックアセット(例えば、Modular Avatar設定済みアクセサリ)は特に何もしなくても併用が可能だと思います。 この場合はおそらくExpression Parameterの設定も不要です(外部アセットの設定がマージされるため)。
Emote Wizardの設定方法
Expression Menuの項目名をスラッシュ区切りで入力することによって、自動的にサブフォルダが作成されます。